Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
USP28Q96RU2 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP28Q96RU2 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP28Q96RU2 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP28Q96RU2 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP28Q96RU2 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
USP28Q96RU2 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
USP28Q96RU2 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP28Q96RU2 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP28Q96RU2 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP28Q96RU2 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP28Q96RU2 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP28Q96RU2 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
USP28Q96RU2 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
USP28Q96RU2 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
USP28Q96RU2 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
USP28Q96RU2 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
USP28Q96RU2 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
USP28Q96RU2 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
USP28Q96RU2 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP28Q96RU2 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP28Q96RU2 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP28Q96RU2 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP28Q96RU2 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP28Q96RU2 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP28Q96RU2 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP28Q96RU2 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP28Q96RU2 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
USP28Q96RU2 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
USP28Q96RU2 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
USP28Q96RU2 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
USP28Q96RU2 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
USP28Q96RU2 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP28Q96RU2 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP28Q96RU2 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP28Q96RU2 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP28Q96RU2 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP28Q96RU2 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
USP28Q96RU2 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
USP28Q96RU2 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
USP28Q96RU2 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP28Q96RU2 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP28Q96RU2 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP28Q96RU2 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP28Q96RU2 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP28Q96RU2 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP28Q96RU2 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP28Q96RU2 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP28Q96RU2 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
USP28Q96RU2 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
USP28Q96RU2 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
USP28Q96RU2 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
USP28Q96RU2 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
USP28Q96RU2 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
USP28Q96RU2 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.62■■■□□ 2.17
USP28Q96RU2 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
USP28Q96RU2 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
USP28Q96RU2 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP28Q96RU2 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP28Q96RU2 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP28Q96RU2 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP28Q96RU2 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP28Q96RU2 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP28Q96RU2 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP28Q96RU2 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP28Q96RU2 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP28Q96RU2 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP28Q96RU2 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP28Q96RU2 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
USP28Q96RU2 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP28Q96RU2 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP28Q96RU2 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
USP28Q96RU2 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.1 ms