Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC19.73■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC19.72■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC19.72■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC19.71■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC19.7■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC19.66■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC19.66■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC19.65■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
RPUSD4Q96CM3 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC19.62■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC19.61■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.6■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
RPUSD4Q96CM3 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms