Protein–RNA interactions for Protein: Q53F19

NCBP3, Nuclear cap-binding protein subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 620 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NCBP3Q53F19 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.1■■■□□ 2.89
NCBP3Q53F19 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
NCBP3Q53F19 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
NCBP3Q53F19 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC33.1■■■□□ 2.89
NCBP3Q53F19 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
NCBP3Q53F19 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.09■■■□□ 2.89
NCBP3Q53F19 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
NCBP3Q53F19 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
NCBP3Q53F19 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC33.08■■■□□ 2.89
NCBP3Q53F19 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC33.07■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC33.06■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC33.06■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.05■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC33.05■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC33.05■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.04■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.03■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
NCBP3Q53F19 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33■■■□□ 2.87
NCBP3Q53F19 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC33■■■□□ 2.87
NCBP3Q53F19 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33■■■□□ 2.87
NCBP3Q53F19 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
NCBP3Q53F19 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.99■■■□□ 2.87
NCBP3Q53F19 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC32.98■■■□□ 2.87
NCBP3Q53F19 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
NCBP3Q53F19 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
NCBP3Q53F19 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.97■■■□□ 2.87
NCBP3Q53F19 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
NCBP3Q53F19 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC32.96■■■□□ 2.87
NCBP3Q53F19 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.95■■■□□ 2.87
NCBP3Q53F19 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC32.95■■■□□ 2.87
NCBP3Q53F19 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
NCBP3Q53F19 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC32.94■■■□□ 2.86
NCBP3Q53F19 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
NCBP3Q53F19 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
NCBP3Q53F19 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
NCBP3Q53F19 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC32.92■■■□□ 2.86
NCBP3Q53F19 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
NCBP3Q53F19 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC32.91■■■□□ 2.86
NCBP3Q53F19 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC32.91■■■□□ 2.86
NCBP3Q53F19 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
NCBP3Q53F19 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.9■■■□□ 2.86
NCBP3Q53F19 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
NCBP3Q53F19 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
NCBP3Q53F19 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.89■■■□□ 2.86
NCBP3Q53F19 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
NCBP3Q53F19 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC32.89■■■□□ 2.86
NCBP3Q53F19 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC32.88■■■□□ 2.85
NCBP3Q53F19 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
NCBP3Q53F19 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.87■■■□□ 2.85
NCBP3Q53F19 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC32.87■■■□□ 2.85
NCBP3Q53F19 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.87■■■□□ 2.85
NCBP3Q53F19 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
NCBP3Q53F19 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.87■■■□□ 2.85
NCBP3Q53F19 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.87■■■□□ 2.85
NCBP3Q53F19 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC32.86■■■□□ 2.85
NCBP3Q53F19 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
NCBP3Q53F19 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.86■■■□□ 2.85
NCBP3Q53F19 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC32.85■■■□□ 2.85
NCBP3Q53F19 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.85■■■□□ 2.85
NCBP3Q53F19 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC32.85■■■□□ 2.85
NCBP3Q53F19 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
NCBP3Q53F19 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC32.83■■■□□ 2.85
NCBP3Q53F19 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.83■■■□□ 2.85
NCBP3Q53F19 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
NCBP3Q53F19 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.81■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.81■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC32.81■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.79■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC32.79■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC32.79■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.79■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.1 ms