Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMS1P48059 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC23■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMS1P48059 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMS1P48059 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMS1P48059 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.5 ms