Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
MSH2P43246 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
MSH2P43246 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
MSH2P43246 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
MSH2P43246 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
MSH2P43246 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
MSH2P43246 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
MSH2P43246 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
MSH2P43246 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC25.39■■□□□ 1.65
MSH2P43246 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
MSH2P43246 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
MSH2P43246 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
MSH2P43246 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
MSH2P43246 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
MSH2P43246 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
MSH2P43246 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
MSH2P43246 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
MSH2P43246 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
MSH2P43246 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
MSH2P43246 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
MSH2P43246 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
MSH2P43246 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
MSH2P43246 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
MSH2P43246 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
MSH2P43246 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
MSH2P43246 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
MSH2P43246 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
MSH2P43246 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
MSH2P43246 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
MSH2P43246 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
MSH2P43246 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
MSH2P43246 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
MSH2P43246 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
MSH2P43246 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
MSH2P43246 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
MSH2P43246 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
MSH2P43246 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
MSH2P43246 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
MSH2P43246 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
MSH2P43246 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
MSH2P43246 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
MSH2P43246 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
MSH2P43246 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
MSH2P43246 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
MSH2P43246 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
MSH2P43246 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
MSH2P43246 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
MSH2P43246 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
MSH2P43246 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
MSH2P43246 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
MSH2P43246 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
MSH2P43246 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
MSH2P43246 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
MSH2P43246 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
MSH2P43246 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
MSH2P43246 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
MSH2P43246 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
MSH2P43246 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
MSH2P43246 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
MSH2P43246 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
MSH2P43246 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
MSH2P43246 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
MSH2P43246 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
MSH2P43246 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
MSH2P43246 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
MSH2P43246 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
MSH2P43246 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
MSH2P43246 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
MSH2P43246 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
MSH2P43246 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
MSH2P43246 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
MSH2P43246 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
MSH2P43246 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
MSH2P43246 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
MSH2P43246 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
MSH2P43246 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
MSH2P43246 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
MSH2P43246 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
MSH2P43246 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
MSH2P43246 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
MSH2P43246 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
MSH2P43246 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
MSH2P43246 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
MSH2P43246 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
MSH2P43246 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
MSH2P43246 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
MSH2P43246 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
MSH2P43246 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
MSH2P43246 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
MSH2P43246 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
MSH2P43246 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
MSH2P43246 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
MSH2P43246 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
MSH2P43246 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
MSH2P43246 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
MSH2P43246 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
MSH2P43246 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
MSH2P43246 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
MSH2P43246 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
MSH2P43246 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms