Protein–RNA interactions for Protein: O95484

CLDN9, Claudin-9, humanhuman

Predictions only

Length 217 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN9O95484 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CLDN9O95484 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
CLDN9O95484 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CLDN9O95484 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CLDN9O95484 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CLDN9O95484 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CLDN9O95484 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CLDN9O95484 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CLDN9O95484 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CLDN9O95484 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CLDN9O95484 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CLDN9O95484 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CLDN9O95484 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CLDN9O95484 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CLDN9O95484 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CLDN9O95484 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CLDN9O95484 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CLDN9O95484 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CLDN9O95484 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CLDN9O95484 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CLDN9O95484 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CLDN9O95484 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CLDN9O95484 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.46
CLDN9O95484 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CLDN9O95484 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CLDN9O95484 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CLDN9O95484 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CLDN9O95484 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CLDN9O95484 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CLDN9O95484 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CLDN9O95484 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CLDN9O95484 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms