Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SDC3O75056 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SDC3O75056 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SDC3O75056 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SDC3O75056 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SDC3O75056 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SDC3O75056 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
SDC3O75056 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SDC3O75056 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SDC3O75056 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SDC3O75056 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SDC3O75056 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SDC3O75056 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SDC3O75056 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SDC3O75056 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SDC3O75056 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SDC3O75056 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SDC3O75056 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SDC3O75056 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SDC3O75056 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
SDC3O75056 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SDC3O75056 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SDC3O75056 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SDC3O75056 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SDC3O75056 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SDC3O75056 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
SDC3O75056 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SDC3O75056 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SDC3O75056 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SDC3O75056 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SDC3O75056 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
SDC3O75056 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SDC3O75056 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SDC3O75056 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SDC3O75056 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SDC3O75056 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SDC3O75056 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SDC3O75056 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SDC3O75056 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SDC3O75056 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SDC3O75056 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SDC3O75056 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SDC3O75056 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
SDC3O75056 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
SDC3O75056 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SDC3O75056 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SDC3O75056 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SDC3O75056 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SDC3O75056 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SDC3O75056 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
SDC3O75056 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SDC3O75056 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SDC3O75056 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SDC3O75056 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SDC3O75056 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SDC3O75056 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SDC3O75056 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SDC3O75056 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SDC3O75056 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SDC3O75056 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SDC3O75056 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SDC3O75056 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SDC3O75056 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
SDC3O75056 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SDC3O75056 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SDC3O75056 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SDC3O75056 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SDC3O75056 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SDC3O75056 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SDC3O75056 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SDC3O75056 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
SDC3O75056 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SDC3O75056 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SDC3O75056 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SDC3O75056 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SDC3O75056 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SDC3O75056 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SDC3O75056 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SDC3O75056 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SDC3O75056 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SDC3O75056 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
SDC3O75056 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SDC3O75056 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SDC3O75056 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SDC3O75056 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SDC3O75056 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SDC3O75056 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
SDC3O75056 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SDC3O75056 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SDC3O75056 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SDC3O75056 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SDC3O75056 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SDC3O75056 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SDC3O75056 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SDC3O75056 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
SDC3O75056 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SDC3O75056 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SDC3O75056 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SDC3O75056 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
SDC3O75056 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms