Protein–RNA interactions for Protein: O43490

PROM1, Prominin-1, humanhuman

Predictions only

Length 865 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PROM1O43490 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
PROM1O43490 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
PROM1O43490 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
PROM1O43490 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
PROM1O43490 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
PROM1O43490 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
PROM1O43490 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
PROM1O43490 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
PROM1O43490 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
PROM1O43490 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
PROM1O43490 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
PROM1O43490 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
PROM1O43490 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
PROM1O43490 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
PROM1O43490 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
PROM1O43490 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
PROM1O43490 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC23.84■■□□□ 1.41
PROM1O43490 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
PROM1O43490 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
PROM1O43490 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
PROM1O43490 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
PROM1O43490 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
PROM1O43490 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
PROM1O43490 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
PROM1O43490 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
PROM1O43490 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
PROM1O43490 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
PROM1O43490 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
PROM1O43490 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
PROM1O43490 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
PROM1O43490 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
PROM1O43490 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
PROM1O43490 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
PROM1O43490 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
PROM1O43490 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
PROM1O43490 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
PROM1O43490 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
PROM1O43490 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
PROM1O43490 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
PROM1O43490 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
PROM1O43490 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
PROM1O43490 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
PROM1O43490 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC23.79■■□□□ 1.4
PROM1O43490 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
PROM1O43490 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
PROM1O43490 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
PROM1O43490 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
PROM1O43490 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
PROM1O43490 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
PROM1O43490 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
PROM1O43490 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
PROM1O43490 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
PROM1O43490 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
PROM1O43490 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC23.77■■□□□ 1.4
PROM1O43490 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
PROM1O43490 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
PROM1O43490 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
PROM1O43490 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
PROM1O43490 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
PROM1O43490 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
PROM1O43490 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
PROM1O43490 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
PROM1O43490 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
PROM1O43490 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
PROM1O43490 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
PROM1O43490 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
PROM1O43490 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
PROM1O43490 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
PROM1O43490 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
PROM1O43490 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
PROM1O43490 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
PROM1O43490 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
PROM1O43490 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
PROM1O43490 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
PROM1O43490 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
PROM1O43490 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
PROM1O43490 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
PROM1O43490 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
PROM1O43490 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
PROM1O43490 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
PROM1O43490 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
PROM1O43490 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
PROM1O43490 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
PROM1O43490 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
PROM1O43490 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
PROM1O43490 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
PROM1O43490 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
PROM1O43490 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
PROM1O43490 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
PROM1O43490 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
PROM1O43490 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
PROM1O43490 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
PROM1O43490 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
PROM1O43490 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
PROM1O43490 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
PROM1O43490 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
PROM1O43490 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
PROM1O43490 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
PROM1O43490 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
PROM1O43490 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms