RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000482056.2

C9orf3-218, Transcript of chromosome 9 open reading frame 3, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene C9orf3, Length 1,951 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
C9orf3-218ENST00000482056 NISCHQ9Y2I1 1504 aa31.91■■■□□ 2.7
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C9orf3-218ENST00000482056 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa26.96■■□□□ 1.91
C9orf3-218ENST00000482056 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP26.47■■□□□ 1.83
C9orf3-218ENST00000482056 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa26.32■■□□□ 1.8
C9orf3-218ENST00000482056 DCAF8L2P0C7V8 631 aa26.25■■□□□ 1.79
C9orf3-218ENST00000482056 CHIC1Q5VXU3 224 aa25.8■■□□□ 1.72
C9orf3-218ENST00000482056 MYO15BQ96JP2 1530 aa25.63■■□□□ 1.69
C9orf3-218ENST00000482056 ABCC9O60706 1549 aa25.51■■□□□ 1.67
C9orf3-218ENST00000482056 SCRIBQ14160 1630 aa25.38■■□□□ 1.65
C9orf3-218ENST00000482056 NACADO15069 1562 aa25.2■■□□□ 1.62
C9orf3-218ENST00000482056 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP25.18■■□□□ 1.62
C9orf3-218ENST00000482056 HRCP23327 699 aa25.04■■□□□ 1.6
C9orf3-218ENST00000482056 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa25.02■■□□□ 1.6
C9orf3-218ENST00000482056 PCGF6Q9BYE7 350 aa24.94■■□□□ 1.58
C9orf3-218ENST00000482056 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa24.92■■□□□ 1.58
C9orf3-218ENST00000482056 TRIM41Q8WV44 630 aa24.78■■□□□ 1.56
C9orf3-218ENST00000482056 CECR2Q9BXF3 1484 aa24.75■■□□□ 1.55
C9orf3-218ENST00000482056 MROH2BQ7Z745 1585 aa24.73■■□□□ 1.55
C9orf3-218ENST00000482056 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP24.62■■□□□ 1.53
C9orf3-218ENST00000482056 WIZO95785 1651 aa24.61■■□□□ 1.53
C9orf3-218ENST00000482056 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP24.58■■□□□ 1.53
C9orf3-218ENST00000482056 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP24.42■■□□□ 1.5
C9orf3-218ENST00000482056 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP24.34■■□□□ 1.49
C9orf3-218ENST00000482056 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP24.33■■□□□ 1.49
C9orf3-218ENST00000482056 SMARCA4P51532 1647 aa24.33■■□□□ 1.49
C9orf3-218ENST00000482056 UNC13AQ9UPW8 1703 aa24.33■■□□□ 1.48
C9orf3-218ENST00000482056 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP24.31■■□□□ 1.48
C9orf3-218ENST00000482056 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP24.22■■□□□ 1.47
C9orf3-218ENST00000482056 SMARCA2P51531 1590 aa24.15■■□□□ 1.46
C9orf3-218ENST00000482056 CCDC88BA6NC98 1476 aa24.14■■□□□ 1.45
C9orf3-218ENST00000482056 EHMT2Q96KQ7 1210 aa24.1■■□□□ 1.45
C9orf3-218ENST00000482056 ABCC8Q09428 1581 aa24.01■■□□□ 1.43
C9orf3-218ENST00000482056 BICRAQ9NZM4 1560 aa23.97■■□□□ 1.43
C9orf3-218ENST00000482056 PEG3Q9GZU2 1588 aa23.92■■□□□ 1.42
C9orf3-218ENST00000482056 EEA1Q15075 1411 aa23.9■■□□□ 1.42
C9orf3-218ENST00000482056 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP23.84■■□□□ 1.41
C9orf3-218ENST00000482056 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP23.79■■□□□ 1.4
C9orf3-218ENST00000482056 TNIKQ9UKE5 1360 aa23.77■■□□□ 1.39
C9orf3-218ENST00000482056 SOGA1O94964 1423 aa23.76■■□□□ 1.39
C9orf3-218ENST00000482056 CEP162Q5TB80 1403 aa23.75■■□□□ 1.39
C9orf3-218ENST00000482056 CSRNP3Q8WYN3 585 aa23.72■■□□□ 1.39
C9orf3-218ENST00000482056 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa23.66■■□□□ 1.38
C9orf3-218ENST00000482056 GOLGA3Q08378 1498 aa23.66■■□□□ 1.38
C9orf3-218ENST00000482056 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP23.63■■□□□ 1.37
C9orf3-218ENST00000482056 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa23.61■■□□□ 1.37
C9orf3-218ENST00000482056 UBTFP17480 764 aaKnown RBP23.6■■□□□ 1.37
C9orf3-218ENST00000482056 SYNJ1O43426 1573 aa23.55■■□□□ 1.36
C9orf3-218ENST00000482056 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP23.54■■□□□ 1.36
C9orf3-218ENST00000482056 KIF21BO75037 1637 aa23.53■■□□□ 1.36
C9orf3-218ENST00000482056 CEP164Q9UPV0 1460 aa23.53■■□□□ 1.36
C9orf3-218ENST00000482056 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP23.49■■□□□ 1.35
C9orf3-218ENST00000482056 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP23.36■■□□□ 1.33
C9orf3-218ENST00000482056 TOP2BQ02880 1626 aa23.36■■□□□ 1.33
C9orf3-218ENST00000482056 CLIP1P30622 1438 aa23.32■■□□□ 1.32
C9orf3-218ENST00000482056 HMGXB3Q12766 1538 aa23.31■■□□□ 1.32
C9orf3-218ENST00000482056 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa23.31■■□□□ 1.32
C9orf3-218ENST00000482056 VPS8Q8N3P4 1428 aa23.25■■□□□ 1.31
C9orf3-218ENST00000482056 NCAPD3P42695 1498 aa23.24■■□□□ 1.31
C9orf3-218ENST00000482056 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa23.23■■□□□ 1.31
C9orf3-218ENST00000482056 APLP2Q06481 763 aa23.18■■□□□ 1.3
C9orf3-218ENST00000482056 ERICH3Q5RHP9 1530 aa23.17■■□□□ 1.3
C9orf3-218ENST00000482056 PRXQ9BXM0 1461 aa23.07■■□□□ 1.28
C9orf3-218ENST00000482056 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP23.07■■□□□ 1.28
C9orf3-218ENST00000482056 CUX1P39880 1505 aa23.05■■□□□ 1.28
C9orf3-218ENST00000482056 CFTRP13569 1480 aa23.04■■□□□ 1.28
C9orf3-218ENST00000482056 KIF27Q86VH2 1401 aa23.02■■□□□ 1.28
C9orf3-218ENST00000482056 PRDM2Q13029 1718 aa23.01■■□□□ 1.27
C9orf3-218ENST00000482056 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP23■■□□□ 1.27
C9orf3-218ENST00000482056 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP22.96■■□□□ 1.27
C9orf3-218ENST00000482056 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP22.96■■□□□ 1.27
C9orf3-218ENST00000482056 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP22.94■■□□□ 1.26
C9orf3-218ENST00000482056 ARAP1Q96P48 1450 aa22.92■■□□□ 1.26
C9orf3-218ENST00000482056 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP22.88■■□□□ 1.25
C9orf3-218ENST00000482056 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP22.87■■□□□ 1.25
C9orf3-218ENST00000482056 CLSPNQ9HAW4 1339 aa22.77■■□□□ 1.24
C9orf3-218ENST00000482056 CADPSQ9ULU8 1353 aa22.77■■□□□ 1.24
C9orf3-218ENST00000482056 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP22.77■■□□□ 1.24
C9orf3-218ENST00000482056 NEUROD1Q13562 356 aa22.74■■□□□ 1.23
C9orf3-218ENST00000482056 CUX2O14529 1486 aa22.73■■□□□ 1.23
C9orf3-218ENST00000482056 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa22.73■■□□□ 1.23
C9orf3-218ENST00000482056 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP22.71■■□□□ 1.23
C9orf3-218ENST00000482056 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP22.69■■□□□ 1.22
C9orf3-218ENST00000482056 IGF1RP08069 1367 aa22.68■■□□□ 1.22
C9orf3-218ENST00000482056 FGD5Q6ZNL6 1462 aa22.66■■□□□ 1.22
C9orf3-218ENST00000482056 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP22.63■■□□□ 1.21
C9orf3-218ENST00000482056 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa22.62■■□□□ 1.21
C9orf3-218ENST00000482056 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa22.62■■□□□ 1.21
C9orf3-218ENST00000482056 MAP3K1Q13233 1512 aa22.62■■□□□ 1.21
C9orf3-218ENST00000482056 CCNB3Q8WWL7 1395 aa22.6■■□□□ 1.21
C9orf3-218ENST00000482056 TIAM1Q13009 1591 aa22.55■■□□□ 1.2
C9orf3-218ENST00000482056 FANCD2Q9BXW9 1451 aa22.55■■□□□ 1.2
C9orf3-218ENST00000482056 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa22.54■■□□□ 1.2
C9orf3-218ENST00000482056 DNMBPQ6XZF7 1577 aa22.51■■□□□ 1.19
C9orf3-218ENST00000482056 FHAD1B1AJZ9 1412 aa22.5■■□□□ 1.19
C9orf3-218ENST00000482056 MIER1Q8N108 512 aa22.49■■□□□ 1.19
C9orf3-218ENST00000482056 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa22.44■■□□□ 1.18
C9orf3-218ENST00000482056 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa22.44■■□□□ 1.18
C9orf3-218ENST00000482056 CFAP43Q8NDM7 1665 aa22.43■■□□□ 1.18
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