RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000262460.4

GINS1-201, Transcript of GINS complex subunit 1, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene GINS1, Length 3,249 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Nucleus, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
GINS1-201ENST00000262460 NISCHQ9Y2I1 1504 aa17.62■□□□□ 0.41
GINS1-201ENST00000262460 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa15.73■□□□□ 0.11
GINS1-201ENST00000262460 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP15.41■□□□□ 0.06
GINS1-201ENST00000262460 DCAF8L2P0C7V8 631 aa15.38■□□□□ 0.05
GINS1-201ENST00000262460 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP14.85□□□□□ -0.03
GINS1-201ENST00000262460 MYO15BQ96JP2 1530 aa14.71□□□□□ -0.05
GINS1-201ENST00000262460 CHIC1Q5VXU3 224 aa14.7□□□□□ -0.06
GINS1-201ENST00000262460 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa14.65□□□□□ -0.06
GINS1-201ENST00000262460 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa14.56□□□□□ -0.08
GINS1-201ENST00000262460 EHMT2Q96KQ7 1210 aa14.52□□□□□ -0.09
GINS1-201ENST00000262460 PCGF6Q9BYE7 350 aa14.51□□□□□ -0.09
GINS1-201ENST00000262460 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP14.37□□□□□ -0.11
GINS1-201ENST00000262460 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP14.36□□□□□ -0.11
GINS1-201ENST00000262460 SCRIBQ14160 1630 aa14.27□□□□□ -0.13
GINS1-201ENST00000262460 ABCC9O60706 1549 aa14.23□□□□□ -0.13
GINS1-201ENST00000262460 HRCP23327 699 aa14.23□□□□□ -0.13
GINS1-201ENST00000262460 TRIM41Q8WV44 630 aa14.12□□□□□ -0.15
GINS1-201ENST00000262460 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa14.12□□□□□ -0.15
GINS1-201ENST00000262460 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP14.09□□□□□ -0.15
GINS1-201ENST00000262460 CECR2Q9BXF3 1484 aa14.03□□□□□ -0.16
GINS1-201ENST00000262460 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa14□□□□□ -0.17
GINS1-201ENST00000262460 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP13.98□□□□□ -0.17
GINS1-201ENST00000262460 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP13.9□□□□□ -0.18
GINS1-201ENST00000262460 MROH2BQ7Z745 1585 aa13.87□□□□□ -0.19
GINS1-201ENST00000262460 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP13.83□□□□□ -0.19
GINS1-201ENST00000262460 WIZO95785 1651 aa13.8□□□□□ -0.2
GINS1-201ENST00000262460 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP13.68□□□□□ -0.22
GINS1-201ENST00000262460 NACADO15069 1562 aa13.66□□□□□ -0.22
GINS1-201ENST00000262460 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP13.65□□□□□ -0.22
GINS1-201ENST00000262460 ABCC8Q09428 1581 aa13.63□□□□□ -0.23
GINS1-201ENST00000262460 CCDC88BA6NC98 1476 aa13.56□□□□□ -0.24
GINS1-201ENST00000262460 UBTFP17480 764 aaKnown RBP13.53□□□□□ -0.24
GINS1-201ENST00000262460 SOGA1O94964 1423 aa13.53□□□□□ -0.24
GINS1-201ENST00000262460 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa13.51□□□□□ -0.25
GINS1-201ENST00000262460 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP13.51□□□□□ -0.25
GINS1-201ENST00000262460 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP13.46□□□□□ -0.25
GINS1-201ENST00000262460 SMARCA4P51532 1647 aa13.4□□□□□ -0.26
GINS1-201ENST00000262460 UNC13AQ9UPW8 1703 aa13.39□□□□□ -0.27
GINS1-201ENST00000262460 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP13.39□□□□□ -0.27
GINS1-201ENST00000262460 SMARCA2P51531 1590 aa13.37□□□□□ -0.27
GINS1-201ENST00000262460 CSRNP3Q8WYN3 585 aa13.37□□□□□ -0.27
GINS1-201ENST00000262460 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP13.36□□□□□ -0.27
GINS1-201ENST00000262460 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP13.36□□□□□ -0.27
GINS1-201ENST00000262460 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP13.36□□□□□ -0.27
GINS1-201ENST00000262460 CEP162Q5TB80 1403 aa13.35□□□□□ -0.27
GINS1-201ENST00000262460 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP13.3□□□□□ -0.28
GINS1-201ENST00000262460 BICRAQ9NZM4 1560 aa13.26□□□□□ -0.29
GINS1-201ENST00000262460 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP13.23□□□□□ -0.29
GINS1-201ENST00000262460 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP13.2□□□□□ -0.3
GINS1-201ENST00000262460 TNIKQ9UKE5 1360 aa13.19□□□□□ -0.3
GINS1-201ENST00000262460 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP13.18□□□□□ -0.3
GINS1-201ENST00000262460 SYNJ1O43426 1573 aa13.17□□□□□ -0.3
GINS1-201ENST00000262460 NEUROD1Q13562 356 aa13.17□□□□□ -0.3
GINS1-201ENST00000262460 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa13.13□□□□□ -0.31
GINS1-201ENST00000262460 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP13.13□□□□□ -0.31
GINS1-201ENST00000262460 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa13.12□□□□□ -0.31
GINS1-201ENST00000262460 ITGAEP38570 1179 aa13.11□□□□□ -0.31
GINS1-201ENST00000262460 GOLGA3Q08378 1498 aa13.11□□□□□ -0.31
GINS1-201ENST00000262460 CLIP1P30622 1438 aa13.1□□□□□ -0.31
GINS1-201ENST00000262460 APLP2Q06481 763 aa13.09□□□□□ -0.31
GINS1-201ENST00000262460 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP13.05□□□□□ -0.32
GINS1-201ENST00000262460 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa13.03□□□□□ -0.32
GINS1-201ENST00000262460 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP13.02□□□□□ -0.33
GINS1-201ENST00000262460 CEP164Q9UPV0 1460 aa13□□□□□ -0.33
GINS1-201ENST00000262460 MIER1Q8N108 512 aa13□□□□□ -0.33
GINS1-201ENST00000262460 P3H3Q8IVL6 736 aa13□□□□□ -0.33
GINS1-201ENST00000262460 EEA1Q15075 1411 aa12.99□□□□□ -0.33
GINS1-201ENST00000262460 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP12.99□□□□□ -0.33
GINS1-201ENST00000262460 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP12.98□□□□□ -0.33
GINS1-201ENST00000262460 VPS8Q8N3P4 1428 aa12.93□□□□□ -0.34
GINS1-201ENST00000262460 PEG3Q9GZU2 1588 aa12.92□□□□□ -0.34
GINS1-201ENST00000262460 KIF21BO75037 1637 aa12.91□□□□□ -0.34
GINS1-201ENST00000262460 CUX1P39880 1505 aa12.86□□□□□ -0.35
GINS1-201ENST00000262460 ARAP1Q96P48 1450 aa12.85□□□□□ -0.35
GINS1-201ENST00000262460 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP12.85□□□□□ -0.35
GINS1-201ENST00000262460 TOP2BQ02880 1626 aa12.83□□□□□ -0.36
GINS1-201ENST00000262460 DNAJC5BQ9UF47 199 aa12.81□□□□□ -0.36
GINS1-201ENST00000262460 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP12.81□□□□□ -0.36
GINS1-201ENST00000262460 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP12.79□□□□□ -0.36
GINS1-201ENST00000262460 CUX2O14529 1486 aa12.78□□□□□ -0.36
GINS1-201ENST00000262460 PRXQ9BXM0 1461 aa12.78□□□□□ -0.36
GINS1-201ENST00000262460 KIF27Q86VH2 1401 aa12.77□□□□□ -0.37
GINS1-201ENST00000262460 KCNH8Q96L42 1107 aa12.76□□□□□ -0.37
GINS1-201ENST00000262460 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP12.76□□□□□ -0.37
GINS1-201ENST00000262460 NCAPD3P42695 1498 aa12.75□□□□□ -0.37
GINS1-201ENST00000262460 SIN3AQ96ST3 1273 aa12.74□□□□□ -0.37
GINS1-201ENST00000262460 ARID3CA6NKF2 412 aa12.74□□□□□ -0.37
GINS1-201ENST00000262460 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa12.73□□□□□ -0.37
GINS1-201ENST00000262460 IGF1RP08069 1367 aa12.72□□□□□ -0.37
GINS1-201ENST00000262460 CFTRP13569 1480 aa12.71□□□□□ -0.38
GINS1-201ENST00000262460 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa12.7□□□□□ -0.38
GINS1-201ENST00000262460 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa12.69□□□□□ -0.38
GINS1-201ENST00000262460 NESP48681 1621 aa12.69□□□□□ -0.38
GINS1-201ENST00000262460 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa12.68□□□□□ -0.38
GINS1-201ENST00000262460 CCNB3Q8WWL7 1395 aa12.67□□□□□ -0.38
GINS1-201ENST00000262460 FGD5Q6ZNL6 1462 aa12.67□□□□□ -0.38
GINS1-201ENST00000262460 CADPSQ9ULU8 1353 aa12.65□□□□□ -0.38
GINS1-201ENST00000262460 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa12.64□□□□□ -0.39
GINS1-201ENST00000262460 FHOD3Q2V2M9 1422 aa12.64□□□□□ -0.39
GINS1-201ENST00000262460 HMGXB3Q12766 1538 aa12.63□□□□□ -0.39
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 12.7 ms