RNA–Protein interactions for RNA: YHR066W

SSF1, Transcript of Constituent of 66S pre-ribosomal particles, yeast

Gene SSF1, Length 1,362 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SSF1	YHR066W	CAB1	Q04430	367 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SSF1	YHR066W	SRS2	P12954	1174 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SSF1	YHR066W	MLF3	P32047	452 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SSF1	YHR066W	MAC1	P35192	417 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SSF1	YHR066W	CWH41	P53008	833 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SSF1	YHR066W	PSH1	Q12161	406 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SSF1	YHR066W	Q0182	Q9ZZW1	134 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SSF1	YHR066W	PDC6	P26263	563 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SSF1	YHR066W	YBR197C	P38306	217 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SSF1	YHR066W	PNP1	Q05788	311 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SSF1	YHR066W	SCD5	P34758	872 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	ALD2	P47771	506 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	FOX2	Q02207	900 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	LEU1	P07264	779 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	FPS1	P23900	669 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	CDC3	P32457	520 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	ISC10	P32645	267 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	TAT1	P38085	619 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	BOL3	P39724	118 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	UTP4	Q06679	776 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	MET1	P36150	593 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	BOI1	P38041	980 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	PDC5	P16467	563 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	MRPL33	P20084	86 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	YTA6	P40328	754 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	IRC24	P40580	263 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	PRY1	P47032	299 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	KNS1	P32350	737 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	ALO1	P54783	526 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	VMA3	P25515	160 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	MRPL16	P38064	232 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	QDR2	P40474	542 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	MTO1	P53070	669 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	YPL034W	Q03083	165 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	KAR5	Q04746	504 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	LSO1	Q3E827	93 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SSF1	YHR066W	FUR4	P05316	633 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	RGP1	P16664	663 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	KAP122	P32767	1081 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	RRN6	P32786	894 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	KTR2	P33550	425 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	HAT1	Q12341	374 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	STB3	Q12427	513 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	RPC31	P17890	251 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	SPR3	P41901	512 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	INP52	P50942	1183 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	APC11	Q12157	165 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	TRL1	P09880	827 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	RPB10	P22139	70 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	NAB2	P32505	525 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.81	□□□□□ -1.64	RIP-Chip
SSF1	YHR066W	SKP1	P52286	194 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	ERP5	P38819	212 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	CUS1	Q02554	436 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	TY1A-DR2	Q03964	440 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	YBL113C	Q7M4S9	792 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	OMA1	P36163	345 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	LDH1	P38139	375 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	GLO3	P38682	493 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	DYS1	P38791	387 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	QDR1	P40475	563 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	ATG1	P53104	897 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	MSN1	P22148	382 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	BSD2	P38356	321 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	SSF1	P38789	453 aa	Predicted RBP	4.78	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	MDJ2	P42834	146 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	SUT1	P53032	299 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	YNR040W	P53736	256 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	MSC7	P38694	644 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	HXT8	P40886	569 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	YOR296W	Q08748	1289 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SSF1	YHR066W	GRS1	P38088	690 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	ACF4	P47129	309 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	ITC1	P53125	1264 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	GIP1	P38229	639 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	APM2	P38700	605 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	RGD2	P43556	714 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	ISW1	P38144	1129 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	NCL1	P38205	684 aa	Known RBP	4.74	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	YML020W	Q03722	664 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	FRT1	Q99332	602 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	RPP1A	P05318	106 aa	Predicted RBP	4.73	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	NTA1	P40354	457 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	HEH2	Q03281	663 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	IDI1	P15496	288 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	SMC1	P32908	1225 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	RAD55	P38953	406 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	FIR1	P40020	876 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	YIL165C	P40446	119 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	AVT1	P47082	602 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	BUD9	P53226	547 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	TRS120	Q04183	1289 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	NUT2	Q06213	157 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	EMG1	Q06287	252 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	MNL2	Q12205	849 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	TIF6	Q12522	245 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
SSF1	YHR066W	YHL050C	P38721	697 aa		4.71	□□□□□ -1.66
SSF1	YHR066W	YHR219W	P38900	624 aa		4.71	□□□□□ -1.66
SSF1	YHR066W	PRK1	P40494	810 aa		4.71	□□□□□ -1.66
SSF1	YHR066W	UFD2	P54860	961 aa		4.71	□□□□□ -1.66
SSF1	YHR066W	NOP8	Q08287	484 aa	Predicted RBP	4.71	□□□□□ -1.66

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 10.6 ms