RNA–Protein interactions for RNA: YDR457W

TOM1, Transcript of E3 ubiquitin ligase of the hect-domain class, yeast

Gene TOM1, Length 9,807 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
TOM1	YDR457W	CUP2	P15315	225 aa		2.45	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	PPH21	P23594	369 aa		2.45	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YKL070W	P36087	169 aa		2.45	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YJL213W	P40896	331 aa		2.45	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	NIS1	P53939	407 aa		2.45	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YHM2	Q04013	314 aa		2.45	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	PAU23	Q07987	124 aa		2.45	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	ATP10	P18496	279 aa		2.45	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YBL071C	P38185	102 aa		2.45	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	SUR7	P54003	302 aa		2.45	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	ASM4	Q05166	528 aa		2.45	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	RPL42A	P0CX27	106 aa	Known RBP	2.45	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	RPL42B	P0CX28	106 aa	Known RBP	2.45	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YER158C	P40095	573 aa		2.45	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	COX9	P07255	59 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YPS1	P32329	569 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	CPD1	P53314	239 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	RPL20A	P0CX23	172 aa	Known RBP	2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	RPL20B	P0CX24	172 aa	Predicted RBP	2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	HMRA1	P0CY11	126 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YKL162C	P36052	402 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	CMC1	P36064	111 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YIL012W	P40551	113 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	MAP1	Q01662	387 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.44	□□□□□ -2.02	not detected
TOM1	YDR457W	MRPL23	Q12487	163 aa	Predicted RBP	2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	CHO1	P08456	276 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	ATS1	P31386	333 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	MGM101	P32787	269 aa	Known RBP	2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YEL073C	P39974	107 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	CDC25	P04821	1589 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	CAR2	P07991	424 aa	Known RBP	2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	ARO4	P32449	370 aa	Known RBP	2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	SDH4	P37298	181 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	SNF11	P38956	169 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	LCL3	P53153	274 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	RPL21A	Q02753	160 aa	Known RBP	2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	TIM18	Q08749	192 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	RPL21B	Q12672	160 aa	Known RBP	2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	PBI2	P0CT04	75 aa	Known RBP	2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	MDH2	P22133	377 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	ECM15	P35195	104 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YBR032W	P38223	100 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	NBP35	P52920	328 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	ADH2	P00331	348 aa	Known RBP	2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	NCA3	P46955	337 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	CYT2	Q00873	224 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YPL247C	Q12523	523 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	ZRT3	P34240	503 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	FYV4	P38783	130 aa	Predicted RBP	2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YPI1	P43587	155 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	NPY1	P53164	384 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	SEN15	Q04675	128 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YML053C	Q04978	212 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	STP3	Q05937	343 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	ALG14	P38242	237 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YPS6	P40583	537 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	MRPL38	P35996	138 aa	Predicted RBP	2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	GGC1	P38988	300 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YFR020W	P43600	232 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	IGO2	Q9P305	131 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	MRPS5	P33759	307 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YOR008C-A	Q3E7B9	74 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	AQY1	P0CD91	305 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	PPQ1	P32945	549 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	NSG2	P53898	299 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	PFA5	Q03289	374 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	MCP1	Q12106	302 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	ECM12	O13529	151 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	MID1	P41821	548 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	HUR1	P45820	110 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	UBC9	P50623	157 aa	Predicted RBP	2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	VAM10	Q08474	114 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	PST1	Q12355	444 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	SPS18	P32572	300 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	SWD2	P36104	329 aa	Predicted RBP	2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YNR040W	P53736	256 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	RHO5	P53879	331 aa	Known RBP	2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YOP1	Q12402	180 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YOX1	P34161	385 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	MRPL37	P36532	105 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	DSE2	P38844	325 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	ULI1	P43604	169 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YMR007W	Q03675	126 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YPR147C	Q06522	304 aa	Known RBP	2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	BET1	P22804	142 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	TOM40	P23644	387 aa	Known RBP	2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	RFA2	P26754	273 aa	Known RBP	2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	SRP14	P38985	146 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YGL204C	P53089	101 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	ATG41	Q12048	136 aa		2.43	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	CYC1	P00044	109 aa	Predicted RBP	2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YJU3	P28321	313 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	WSC4	P38739	605 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	RPS26A	P39938	119 aa	Known RBP	2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	RPS26B	P39939	119 aa	Known RBP	2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	DAP1	Q12091	152 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	MRS3	P10566	314 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YHL042W	P38729	150 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YGR035C	P53222	116 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	TPO3	Q06451	622 aa		2.42	□□□□□ -2.02

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