RNA–Protein interactions for RNA: YHR088W

RPF1, Transcript of Protein involved in assembly and export of the large ribosomal subunit, yeast

Gene RPF1, Length 888 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
RPF1	YHR088W	RRS1	Q08746	203 aa	Known RBP	0.88	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	TPO4	Q12256	659 aa		0.88	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	SSK22	P25390	1331 aa	Predicted RBP	0.88	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	HIS1	P00498	297 aa	Known RBP	0.87	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	YKR104W	P0CE69	306 aa		0.87	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	YKL070W	P36087	169 aa		0.87	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	TCD1	P38756	429 aa		0.87	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	RSM25	P40496	264 aa		0.87	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	FIS1	P40515	155 aa		0.87	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	YPR172W	Q06608	200 aa		0.87	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	VAR1	P02381	398 aa		0.86	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	CPA1	P07258	411 aa	Known RBP	0.86	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	GPA2	P10823	449 aa		0.86	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	PET9	P18239	318 aa	Known RBP	0.86	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	DBP3	P20447	523 aa	Known RBP	0.86	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	YPT52	P36018	234 aa	Known RBP	0.86	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	MRX3	P38172	270 aa		0.86	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	PRS2	P38620	318 aa	Known RBP	0.86	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	EGD1	Q02642	157 aa	Known RBP	0.86	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	COQ10	Q08058	207 aa		0.86	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	SSA3	P09435	649 aa	Known RBP	0.85	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	EHD3	P28817	500 aa		0.85	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	QRI5	P32344	111 aa		0.85	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	JHD2	P47156	728 aa	Predicted RBP	0.85	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	OST6	Q03723	332 aa		0.85	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	YLR413W	Q06689	675 aa		0.85	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	HEM25	Q07534	307 aa		0.85	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	YOR186W	Q08560	144 aa		0.85	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	YPL257W	Q08974	193 aa		0.85	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	MRPL23	Q12487	163 aa	Predicted RBP	0.85	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	COX2	P00410	251 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	MEI4	P29467	408 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	KDX1	P36005	433 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	SNZ3	P43545	298 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	RPA43	P46669	326 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	ERV29	P53337	310 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	SPG4	Q04438	115 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	FLO9	P39712	1322 aa		0.84	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	RSR1	P13856	272 aa		0.83	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	DAL80	P26343	269 aa		0.83	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	MRPL39	P36533	70 aa		0.83	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	PET100	P38958	111 aa		0.83	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	HAM1	P47119	197 aa	Known RBP	0.83	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	YPR098C	Q06089	161 aa		0.83	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	ATG39	Q06159	398 aa		0.83	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	YCT1	Q12235	531 aa		0.83	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	HOM6	P31116	359 aa	Known RBP	0.82	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	TMA19	P35691	167 aa	Known RBP	0.82	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	GOS1	P38736	223 aa		0.82	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	SMB1	P40018	196 aa	Known RBP	0.82	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	ICE2	P40499	491 aa		0.82	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	RPL33B	P41056	107 aa	Known RBP	0.82	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	YAR1	P46683	200 aa		0.82	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	MPA43	P53583	542 aa	Predicted RBP	0.82	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	JEN1	P36035	616 aa		0.81	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	RPF1	P38805	295 aa	Known RBP	0.81	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	YAR068W	P39564	161 aa		0.81	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	ALG11	P53954	548 aa	Known RBP	0.81	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	YNL046W	P53956	172 aa		0.81	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	ADH6	Q04894	360 aa	Known RBP	0.81	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	YPL162C	Q12042	273 aa		0.81	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	HTL1	Q9URQ5	78 aa		0.81	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	FZF1	P32805	299 aa		0.8	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	SGE1	P33335	543 aa		0.8	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	TIR3	P40552	269 aa		0.8	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	BOL2	P53082	120 aa		0.8	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	YOR020W-A	Q3E824	90 aa		0.8	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	CYR1	P08678	2026 aa	Known RBP	0.8	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	RPL24A	P04449	155 aa	Known RBP	0.79	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	ECM33	P38248	429 aa	Known RBP	0.79	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	YBR096W	P38256	230 aa		0.79	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	YER076C	P40049	302 aa		0.79	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	SNZ2	P53824	298 aa		0.79	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	UBC7	Q02159	165 aa		0.79	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	NIP7	Q08962	181 aa	Known RBP	0.79	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	IPP1	P00817	287 aa	Known RBP	0.78	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	YER188C-A	P0C0V2	99 aa		0.78	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	MRP1	P10662	321 aa	Known RBP	0.78	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	ERD2	P18414	219 aa		0.78	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	ERV25	P54837	211 aa	Known RBP	0.78	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	COX20	Q04935	205 aa		0.78	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	CSM4	Q08955	156 aa		0.78	□□□□□ -2.28
RPF1	YHR088W	CDC8	P00572	216 aa		0.77	□□□□□ -2.29
RPF1	YHR088W	QCR8	P08525	94 aa		0.77	□□□□□ -2.29
RPF1	YHR088W	DAL82	P21705	255 aa		0.77	□□□□□ -2.29
RPF1	YHR088W	RNA15	P25299	296 aa	Predicted RBP	0.77	□□□□□ -2.29
RPF1	YHR088W	BIG1	P38813	335 aa		0.77	□□□□□ -2.29
RPF1	YHR088W	PGD1	P40356	397 aa		0.77	□□□□□ -2.29
RPF1	YHR088W	GLG2	P47011	380 aa		0.77	□□□□□ -2.29
RPF1	YHR088W	ILM1	P47155	203 aa		0.77	□□□□□ -2.29
RPF1	YHR088W	GPI8	P49018	411 aa		0.77	□□□□□ -2.29
RPF1	YHR088W	USE1	P53146	245 aa		0.77	□□□□□ -2.29
RPF1	YHR088W	ANT1	Q06497	328 aa		0.77	□□□□□ -2.29
RPF1	YHR088W	RPL27B	P0C2H7	136 aa	Known RBP	0.76	□□□□□ -2.29
RPF1	YHR088W	RRF1	P38771	230 aa		0.76	□□□□□ -2.29
RPF1	YHR088W	YNL217W	P40152	326 aa		0.76	□□□□□ -2.29
RPF1	YHR088W	YDR209C	Q03480	137 aa		0.76	□□□□□ -2.29
RPF1	YHR088W	SEI1	Q06058	285 aa		0.76	□□□□□ -2.29
RPF1	YHR088W	BFR1	P38934	470 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.75	□□□□□ -2.29	not detected
RPF1	YHR088W	EMC2	P47133	292 aa	Known RBP	0.75	□□□□□ -2.29

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