RNA–Protein interactions for RNA: YLL039C

UBI4, Transcript of Ubiquitin, yeast

Gene UBI4, Length 1,146 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
UBI4	YLL039C	PDB1	P32473	366 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	ECM32	P32644	1121 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	YSC84	P32793	468 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	PPG1	P32838	368 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	MRS6	P32864	603 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	TYE7	P33122	291 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	STE13	P33894	931 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	LHS1	P36016	881 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	PBP2	P38151	413 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.56	□□□□□ -1.68	not detected
UBI4	YLL039C	APM3	P38153	483 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	CKB2	P38930	258 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	BEM4	P39011	633 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	YAT2	P40017	923 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	GCN20	P43535	752 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	ROK1	P45818	564 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	NMD5	P46970	1048 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	AMA1	P50082	593 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	PYK2	P52489	506 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	FLC3	P53121	802 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	YTP1	P53584	459 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	SUB1	P54000	292 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	UTP6	Q02354	440 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	ENT5	Q03769	411 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	YDR132C	Q03900	495 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	GSF2	Q04697	403 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	YDR338C	Q05497	695 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	GPN2	Q08726	347 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	PER33	Q12144	273 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	YLR046C	Q12253	270 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	OCA6	Q12454	224 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	PEX11	Q12462	236 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	RMP1	Q12530	201 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	YLR358C	O13565	187 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	COX5A	P00424	153 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	YML002W	P0CF17	737 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	CDC24	P11433	854 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	MRPL8	P22353	238 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	HCM1	P25364	564 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	GEX1	P25596	615 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	CTS1	P29029	562 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	VPH2	P32341	215 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	GEX2	P36173	615 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	SHM2	P37291	469 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	VHC1	P38329	1120 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	POP4	P38336	279 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	YHL041W	P38730	149 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	FMO1	P38866	432 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	ELO3	P40319	345 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	AIM23	P47015	356 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	IML2	P47031	731 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	FAA4	P47912	694 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	TRF5	P48561	642 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	SHE4	P51534	789 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	AIM14	P53109	570 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	LSG1	P53145	640 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	NMA2	P53204	395 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	IST1	P53843	298 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	RPL22B	P56628	122 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	PIR1	Q03178	341 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	GIS1	Q03833	894 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	GRX3	Q03835	250 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	ARP9	Q05123	467 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	RSB1	Q08417	382 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	PGC1	Q08959	321 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	CHS5	Q12114	671 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	IES3	Q12345	250 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	ACC1	Q00955	2233 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	GCR1	P07261	785 aa		4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	PHO4	P07270	312 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	SST2	P11972	698 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	HOM2	P13663	365 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	PRP9	P19736	530 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	AAT2	P23542	418 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	TSR4	P25040	408 aa		4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	PMI40	P29952	429 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	UBC6	P33296	250 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	SRL3	P36167	246 aa		4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	YBP1	P38315	674 aa		4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	MRX1	P40050	688 aa		4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	GVP36	P40531	326 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	IST3	P40565	148 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	YJR039W	P47107	1121 aa		4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	STR3	P53101	465 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	GND2	P53319	492 aa		4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	RNH70	P53331	553 aa		4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	YPR003C	P53394	754 aa		4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	PRM1	P53835	661 aa		4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	IPI3	P53877	555 aa		4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	DAL4	Q04895	635 aa		4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	GGA1	Q06336	557 aa		4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	ACM1	Q08981	209 aa		4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	RIO1	Q12196	484 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	SPS1	P08458	490 aa		4.53	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	IMA3	P0CW40	589 aa		4.53	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	IMA4	P0CW41	589 aa		4.53	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	ERR1	P0CX10	437 aa		4.53	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	ERR2	P0CX11	437 aa		4.53	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	PEP5	P12868	1029 aa		4.53	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	SEC63	P14906	663 aa		4.53	□□□□□ -1.68
UBI4	YLL039C	CBF1	P17106	351 aa		4.53	□□□□□ -1.68

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