RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	FLG	P20930	4061 aa	Predicted RBP	4.1	□□□□□ -1.75
PTPRF-215	ENST00000496447	TNXB	P22105	4242 aa		4.09	□□□□□ -1.75
PTPRF-215	ENST00000496447	ABCA13	Q86UQ4	5058 aa		4.07	□□□□□ -1.76
PTPRF-215	ENST00000496447	MUC17	Q685J3	4493 aa		4.07	□□□□□ -1.76
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP9-6	A0A140TA67	174 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPRF-215	ENST00000496447	LOC100996750	A0A140TA64	210 aa		4.02	□□□□□ -1.77
PTPRF-215	ENST00000496447	PRM1	P04553	51 aa		4.01	□□□□□ -1.77
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP4-3	Q9BYR4	195 aa		4	□□□□□ -1.77
PTPRF-215	ENST00000496447	LCE4A	Q5TA78	99 aa		3.97	□□□□□ -1.77
PTPRF-215	ENST00000496447	LCE1B	Q5T7P3	118 aa		3.96	□□□□□ -1.78
PTPRF-215	ENST00000496447	LCE1D	Q5T752	114 aa		3.95	□□□□□ -1.78
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP2-3	P0C7H8	128 aa		3.94	□□□□□ -1.78
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP2-4	Q9BYR9	128 aa		3.94	□□□□□ -1.78
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP2-1	Q9BYU5	128 aa		3.94	□□□□□ -1.78
PTPRF-215	ENST00000496447	RNF213	Q63HN8	5207 aa		3.91	□□□□□ -1.78
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP4-6	Q9BYQ5	205 aa		3.91	□□□□□ -1.78
PTPRF-215	ENST00000496447	FAT4	Q6V0I7	4981 aa		3.9	□□□□□ -1.78
PTPRF-215	ENST00000496447	UBR4	Q5T4S7	5183 aa		3.89	□□□□□ -1.79
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP20-1	Q3LI63	56 aa		3.89	□□□□□ -1.79
PTPRF-215	ENST00000496447	FSIP2	Q5CZC0	6907 aa		3.88	□□□□□ -1.79
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP19-7	Q3SYF9	63 aa		3.87	□□□□□ -1.79
PTPRF-215	ENST00000496447	MT1A	P04731	61 aa		3.85	□□□□□ -1.79
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP9-7	A8MTY7	169 aa		3.83	□□□□□ -1.8
PTPRF-215	ENST00000496447	SYNE1	Q8NF91	8797 aa	Known RBP	3.82	□□□□□ -1.8
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP9-1	A8MXZ3	250 aa	Predicted RBP	3.79	□□□□□ -1.8
PTPRF-215	ENST00000496447	SYNE2	Q8WXH0	6885 aa	Known RBP	3.77	□□□□□ -1.81
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP6-3	Q3LI67	103 aa		3.77	□□□□□ -1.81
PTPRF-215	ENST00000496447	HMCN2	Q8NDA2	5059 aa		3.76	□□□□□ -1.81
PTPRF-215	ENST00000496447	MUC2	Q02817	5179 aa		3.74	□□□□□ -1.81
PTPRF-215	ENST00000496447	LCE5A	Q5TCM9	118 aa		3.73	□□□□□ -1.81
PTPRF-215	ENST00000496447	LCE1A	Q5T7P2	110 aa		3.73	□□□□□ -1.81
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP4-9	Q9BYQ8	210 aa		3.7	□□□□□ -1.82
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP9-9	Q9BYP9	154 aa		3.62	□□□□□ -1.83
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP9-4	Q9BYQ2	154 aa		3.62	□□□□□ -1.83
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP6-1	Q3LI64	71 aa		3.59	□□□□□ -1.84
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP6-2	Q3LI66	62 aa		3.59	□□□□□ -1.84
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP2-2	Q9BYT5	123 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP9-6	A8MVA2	160 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PTPRF-215	ENST00000496447	OBSCN	Q5VST9	7968 aa		3.51	□□□□□ -1.85
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP4-12	Q9BQ66	201 aa		3.44	□□□□□ -1.86
PTPRF-215	ENST00000496447	LCE1C	Q5T751	118 aa		3.41	□□□□□ -1.86
PTPRF-215	ENST00000496447	LCE1E	Q5T753	118 aa		3.41	□□□□□ -1.86
PTPRF-215	ENST00000496447	LCE1F	Q5T754	118 aa		3.41	□□□□□ -1.86
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP4-11	Q9BYQ6	195 aa		3.35	□□□□□ -1.87
PTPRF-215	ENST00000496447	USH2A	O75445	5202 aa		3.27	□□□□□ -1.89
PTPRF-215	ENST00000496447	NEB	P20929	6669 aa		3.17	□□□□□ -1.9
PTPRF-215	ENST00000496447	FCGBP	Q9Y6R7	5405 aa	Predicted RBP	3.17	□□□□□ -1.9
PTPRF-215	ENST00000496447	DST	Q03001	7570 aa	Known RBP	3.15	□□□□□ -1.9
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP5-9	P26371	169 aa		3.12	□□□□□ -1.91
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP4-2	Q9BYR5	136 aa		3.11	□□□□□ -1.91
PTPRF-215	ENST00000496447	MACF1	Q9UPN3	7388 aa	Known RBP	3.09	□□□□□ -1.91
PTPRF-215	ENST00000496447	SSPO	A2VEC9	5147 aa		3.02	□□□□□ -1.93
PTPRF-215	ENST00000496447	KMT2D	O14686	5537 aa		3.01	□□□□□ -1.93
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP20-2	Q3LI61	65 aa		2.99	□□□□□ -1.93
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP5-3	Q6L8H2	238 aa		2.94	□□□□□ -1.94
PTPRF-215	ENST00000496447	MDN1	Q9NU22	5596 aa		2.87	□□□□□ -1.95
PTPRF-215	ENST00000496447	GPR98	Q8WXG9	6306 aa		2.83	□□□□□ -1.96
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP5-5	Q701N2	237 aa	Predicted RBP	2.83	□□□□□ -1.96
PTPRF-215	ENST00000496447	MUC12	Q9UKN1	5478 aa		2.81	□□□□□ -1.96
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP5-4	Q6L8H1	288 aa		2.78	□□□□□ -1.96
PTPRF-215	ENST00000496447	MUC19	Q7Z5P9	8384 aa		2.77	□□□□□ -1.97
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP4-4	Q9BYR3	166 aa		2.73	□□□□□ -1.97
PTPRF-215	ENST00000496447	MUC5AC	P98088	5654 aa		2.4	□□□□□ -2.03
PTPRF-215	ENST00000496447	HMCN1	Q96RW7	5635 aa		2.36	□□□□□ -2.03
PTPRF-215	ENST00000496447	AHNAK2	Q8IVF2	5795 aa		2.34	□□□□□ -2.04
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP5-8	O75690	187 aa		2.25	□□□□□ -2.05
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP5-10	Q6L8G5	202 aa		2.15	□□□□□ -2.07
PTPRF-215	ENST00000496447	PHGR1	C9JFL3	82 aa		2.11	□□□□□ -2.07
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP5-2	Q701N4	177 aa		2.09	□□□□□ -2.08
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP5-11	Q6L8G4	156 aa		2.06	□□□□□ -2.08
PTPRF-215	ENST00000496447	MUC5B	Q9HC84	5762 aa	Predicted RBP	2.02	□□□□□ -2.09
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP5-1	Q6L8H4	278 aa		2	□□□□□ -2.09
PTPRF-215	ENST00000496447	AHNAK	Q09666	5890 aa	Known RBP	1.96	□□□□□ -2.1
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP21-1	Q3LI58	79 aa		1.91	□□□□□ -2.1
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP21-2	Q3LI59	83 aa		1.77	□□□□□ -2.13
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP5-6	Q6L8G9	129 aa	Predicted RBP	1.63	□□□□□ -2.15
PTPRF-215	ENST00000496447	KRTAP5-7	Q6L8G8	165 aa		1.61	□□□□□ -2.15
PTPRF-215	ENST00000496447	MUC16	Q8WXI7	14507 aa		1.21	□□□□□ -2.22

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