RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	TOPBP1	Q92547	1522 aa		16.14	■□□□□ 0.17
USP4-213	ENST00000488520	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	16.13	■□□□□ 0.17
USP4-213	ENST00000488520	ABCB7	O75027	752 aa		16.12	■□□□□ 0.17
USP4-213	ENST00000488520	ARHGEF11	O15085	1522 aa		16.12	■□□□□ 0.17
USP4-213	ENST00000488520	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		16.06	■□□□□ 0.16
USP4-213	ENST00000488520	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	16.05	■□□□□ 0.16
USP4-213	ENST00000488520	ABCC8	Q09428	1581 aa		16.04	■□□□□ 0.16
USP4-213	ENST00000488520	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		16.02	■□□□□ 0.16
USP4-213	ENST00000488520	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	16.02	■□□□□ 0.15
USP4-213	ENST00000488520	FBLN2	P98095	1184 aa		15.98	■□□□□ 0.15
USP4-213	ENST00000488520	POLA2	Q14181	598 aa		15.97	■□□□□ 0.15
USP4-213	ENST00000488520	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	15.94	■□□□□ 0.14
USP4-213	ENST00000488520	ARAP1	Q96P48	1450 aa		15.93	■□□□□ 0.14
USP4-213	ENST00000488520	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		15.92	■□□□□ 0.14
USP4-213	ENST00000488520	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	15.87	■□□□□ 0.13
USP4-213	ENST00000488520	SOGA1	O94964	1423 aa		15.86	■□□□□ 0.13
USP4-213	ENST00000488520	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		15.84	■□□□□ 0.13
USP4-213	ENST00000488520	PBRM1	Q86U86	1689 aa		15.83	■□□□□ 0.13
USP4-213	ENST00000488520	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		15.83	■□□□□ 0.12
USP4-213	ENST00000488520	WDR97	A6NE52	1622 aa		15.81	■□□□□ 0.12
USP4-213	ENST00000488520	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		15.81	■□□□□ 0.12
USP4-213	ENST00000488520	SYNJ1	O43426	1573 aa		15.8	■□□□□ 0.12
USP4-213	ENST00000488520	CUX1	P39880	1505 aa		15.79	■□□□□ 0.12
USP4-213	ENST00000488520	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	15.77	■□□□□ 0.12
USP4-213	ENST00000488520	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	15.75	■□□□□ 0.11
USP4-213	ENST00000488520	GRIN2B	Q13224	1484 aa		15.73	■□□□□ 0.11
USP4-213	ENST00000488520	ZBTB12	Q9Y330	459 aa	Predicted RBP	15.73	■□□□□ 0.11
USP4-213	ENST00000488520	SYNJ2	O15056	1496 aa		15.71	■□□□□ 0.1
USP4-213	ENST00000488520	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		15.67	■□□□□ 0.1
USP4-213	ENST00000488520	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		15.66	■□□□□ 0.1
USP4-213	ENST00000488520	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		15.62	■□□□□ 0.09
USP4-213	ENST00000488520	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		15.6	■□□□□ 0.09
USP4-213	ENST00000488520	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		15.55	■□□□□ 0.08
USP4-213	ENST00000488520	ADAMTS12	P58397	1594 aa		15.55	■□□□□ 0.08
USP4-213	ENST00000488520	CEP170	Q5SW79	1584 aa		15.55	■□□□□ 0.08
USP4-213	ENST00000488520	GRIN2A	Q12879	1464 aa		15.55	■□□□□ 0.08
USP4-213	ENST00000488520	RBM42	Q9BTD8	480 aa	Known RBP	15.54	■□□□□ 0.08
USP4-213	ENST00000488520	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		15.54	■□□□□ 0.08
USP4-213	ENST00000488520	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	15.53	■□□□□ 0.08
USP4-213	ENST00000488520	SHROOM2	Q13796	1616 aa		15.5	■□□□□ 0.07
USP4-213	ENST00000488520	TOP2B	Q02880	1626 aa		15.49	■□□□□ 0.07
USP4-213	ENST00000488520	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	15.48	■□□□□ 0.07
USP4-213	ENST00000488520	NUP160	Q12769	1436 aa		15.47	■□□□□ 0.07
USP4-213	ENST00000488520	MKRN4P	Q13434	485 aa	Predicted RBP	15.44	■□□□□ 0.06
USP4-213	ENST00000488520	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		15.43	■□□□□ 0.06
USP4-213	ENST00000488520	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		15.41	■□□□□ 0.06
USP4-213	ENST00000488520	TSPOAP1	O95153	1857 aa		15.39	■□□□□ 0.05
USP4-213	ENST00000488520	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	15.37	■□□□□ 0.05
USP4-213	ENST00000488520	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		15.34	■□□□□ 0.05
USP4-213	ENST00000488520	JPH4	Q96JJ6	628 aa		15.33	■□□□□ 0.04
USP4-213	ENST00000488520	ADCY10	Q96PN6	1610 aa		15.29	■□□□□ 0.04
USP4-213	ENST00000488520	SPDYE2B	A6NHP3	402 aa		15.28	■□□□□ 0.04
USP4-213	ENST00000488520	SPDYE6	P0CI01	402 aa		15.28	■□□□□ 0.04
USP4-213	ENST00000488520	SPDYE2	Q495Y8	402 aa		15.28	■□□□□ 0.04
USP4-213	ENST00000488520	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		15.27	■□□□□ 0.04
USP4-213	ENST00000488520	DIP2B	Q9P265	1576 aa		15.27	■□□□□ 0.03
USP4-213	ENST00000488520	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	15.26	■□□□□ 0.03
USP4-213	ENST00000488520	AKT1S1	Q96B36	256 aa		15.26	■□□□□ 0.03
USP4-213	ENST00000488520	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		15.25	■□□□□ 0.03
USP4-213	ENST00000488520	MAPKBP1	O60336	1514 aa		15.24	■□□□□ 0.03
USP4-213	ENST00000488520	KDM6B	O15054	1643 aa		15.23	■□□□□ 0.03
USP4-213	ENST00000488520	CUL7	Q14999	1698 aa		15.22	■□□□□ 0.03
USP4-213	ENST00000488520	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	15.17	■□□□□ 0.02
USP4-213	ENST00000488520	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		15.17	■□□□□ 0.02
USP4-213	ENST00000488520	ZNF692	Q9BU19	519 aa	Predicted RBP	15.15	■□□□□ 0.02
USP4-213	ENST00000488520	IGF1R	P08069	1367 aa		15.13	■□□□□ 0.01
USP4-213	ENST00000488520	KIF27	Q86VH2	1401 aa		15.12	■□□□□ 0.01
USP4-213	ENST00000488520	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	15.12	■□□□□ 0.01
USP4-213	ENST00000488520	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		15.11	■□□□□ 0.01
USP4-213	ENST00000488520	SSUH2	Q9Y2M2	353 aa		15.11	■□□□□ 0.01
USP4-213	ENST00000488520	REM2	Q8IYK8	340 aa	Predicted RBP	15.1	■□□□□ 0.01
USP4-213	ENST00000488520	PTPRG	P23470	1445 aa		15.09	■□□□□ 0.01
USP4-213	ENST00000488520	IQGAP2	Q13576	1575 aa		15.07	■□□□□ 0
USP4-213	ENST00000488520	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		15.05	■□□□□ -0
USP4-213	ENST00000488520	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		15.04	■□□□□ -0
USP4-213	ENST00000488520	ABCC2	Q92887	1545 aa		15.03	■□□□□ -0
USP4-213	ENST00000488520	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		15.03	■□□□□ -0
USP4-213	ENST00000488520	ASXL2	Q76L83	1435 aa		15.02	■□□□□ -0
USP4-213	ENST00000488520	GLI2	P10070	1586 aa		15.01	□□□□□ -0.01
USP4-213	ENST00000488520	ZCCHC11	Q5TAX3	1644 aa	Known RBP	15	□□□□□ -0.01
USP4-213	ENST00000488520	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		14.99	□□□□□ -0.01
USP4-213	ENST00000488520	MAP3K4	Q9Y6R4	1608 aa		14.99	□□□□□ -0.01
USP4-213	ENST00000488520	CHRDL2	Q6WN34	429 aa		14.98	□□□□□ -0.01
USP4-213	ENST00000488520	SPDYE4	A6NLX3	237 aa		14.97	□□□□□ -0.01
USP4-213	ENST00000488520	DISP1	Q96F81	1524 aa		14.97	□□□□□ -0.01
USP4-213	ENST00000488520	UACA	Q9BZF9	1416 aa		14.96	□□□□□ -0.01
USP4-213	ENST00000488520	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		14.96	□□□□□ -0.01
USP4-213	ENST00000488520	UHRF1BP1L	A0JNW5	1464 aa		14.95	□□□□□ -0.02
USP4-213	ENST00000488520	ADGRL1	O94910	1474 aa		14.95	□□□□□ -0.02
USP4-213	ENST00000488520	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	14.93	□□□□□ -0.02
USP4-213	ENST00000488520	KIAA0556	O60303	1618 aa		14.93	□□□□□ -0.02
USP4-213	ENST00000488520	PITPNM1	O00562	1244 aa		14.93	□□□□□ -0.02
USP4-213	ENST00000488520	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	14.93	□□□□□ -0.02
USP4-213	ENST00000488520	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		14.92	□□□□□ -0.02
USP4-213	ENST00000488520	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		14.91	□□□□□ -0.02
USP4-213	ENST00000488520	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		14.9	□□□□□ -0.02
USP4-213	ENST00000488520	ILDR1	Q86SU0	546 aa	Predicted RBP	14.9	□□□□□ -0.02
USP4-213	ENST00000488520	SPDYE1	Q8NFV5	336 aa	Predicted RBP	14.9	□□□□□ -0.02
USP4-213	ENST00000488520	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		14.89	□□□□□ -0.03
USP4-213	ENST00000488520	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		14.87	□□□□□ -0.03

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