RNA–Protein interactions for RNA: YLL011W

SOF1, Transcript of Protein required for biogenesis of 40S (small) ribosomal subunit, yeast

Gene SOF1, Length 1,470 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SOF1	YLL011W	TSL1	P38427	1098 aa	Known RBP	5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	MSC7	P38694	644 aa		5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	QNS1	P38795	714 aa	Known RBP	5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	GCV1	P48015	400 aa		5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	GUP1	P53154	560 aa		5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	LSC2	P53312	427 aa		5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	MEH1	Q02205	184 aa		5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	TCB1	Q12466	1186 aa		5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	TY4A-H	Q6Q5P6	413 aa		5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	HOM3	P10869	527 aa		5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	AFT1	P22149	690 aa		5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	MSH1	P25846	959 aa		5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	PET309	P32522	965 aa	Predicted RBP	5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	OAF3	P36023	863 aa		5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	RRN3	P36070	627 aa		5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	HSL7	P38274	827 aa		5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	PRK1	P40494	810 aa		5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	BNA2	P47125	453 aa		5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	TEP1	P53916	434 aa		5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	SXM1	Q04175	944 aa	Known RBP	5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	AVO1	Q08236	1176 aa		5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	ACM1	Q08981	209 aa		5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	HFI1	Q12060	488 aa		5	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	GFA1	P14742	717 aa	Known RBP	4.99	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	SAN1	P22470	610 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	SLA2	P33338	968 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	FAT1	P38225	669 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	HXT16	P47185	567 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	ASK10	P48361	1146 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	RNR4	P49723	345 aa	Known RBP	4.99	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	RSA3	Q05942	220 aa	Known RBP	4.99	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	OMS1	Q06668	471 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	SDH5	Q08230	162 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	NUR1	Q12066	484 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	CDC19	P00549	500 aa	Known RBP	4.98	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	TRK1	P12685	1235 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	DAL7	P21826	554 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	MUD2	P36084	527 aa	Known RBP	4.98	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	AIR1	P40507	360 aa	Known RBP	4.98	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	YFL054C	P43549	646 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	YGR045C	P53229	120 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	SOK2	P53438	785 aa	Predicted RBP	4.98	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	EIS1	Q05050	843 aa	Known RBP	4.98	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	ENT1	Q12518	454 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	APM4	Q99186	491 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	VPS15	P22219	1454 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	NUP159	P40477	1460 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	ATP12	P22135	325 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	YCL002C	P25565	263 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	SEC65	P29478	273 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	NUP120	P35729	1037 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	UGA2	P38067	497 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	RKM3	P38222	552 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	NPP2	P39997	493 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	YER158C	P40095	573 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	NUP85	P46673	744 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	ENV11	P53246	860 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	ELA1	P53861	379 aa	Predicted RBP	4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	LRS4	Q04087	347 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	HLR1	Q04429	423 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	IRC20	Q06554	1556 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	TY1B-H	O13535	1793 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	TY1B-DR5	P0C2I2	1755 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	TY1B-DR6	P0C2I3	1755 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	TY1B-LR2	P0C2I5	1755 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	TY1B-LR3	P0C2I6	1755 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	TY1B-PR1	P0C2I9	1755 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	TY1B-PR2	P0C2J0	1756 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	TY1B-PR3	P0C2J1	1755 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	TY1B-JR1	P47098	1755 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	TY1B-ML2	Q03434	1755 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	TY1B-ER1	Q03612	1755 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	TY1B-ML1	Q04711	1755 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	TY1B-GR2	Q12269	1755 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	TY1B-OL	Q12273	1755 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	TY1B-PL	Q12414	1755 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
SOF1	YLL011W	SPS1	P08458	490 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	HOP1	P20050	605 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	AMS1	P22855	1083 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	CDC48	P25694	835 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	SEG2	P34250	1132 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	MDJ1	P35191	511 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	YKR051W	P36142	418 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	YKR078W	P36158	585 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	SHM2	P37291	469 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	YIL092W	P40497	633 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	GYP7	P48365	746 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	YMR074C	Q04773	145 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	YLR352W	Q06479	807 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	RSC58	Q07979	502 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	PSK2	Q08217	1101 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	NOP56	Q12460	504 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.96	□□□□□ -1.62	not detected
SOF1	YLL011W	TY2B-B	Q12491	1770 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	AAC3	P18238	307 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	PHO3	P24031	467 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	URA1	P28272	314 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	FUN30	P31380	1131 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	UBS1	P38290	277 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	BCD1	P38772	366 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	NMD3	P38861	518 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62

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