RNA–Protein interactions for RNA: YKL139W

CTK1, Transcript of Catalytic (alpha) subunit of C-terminal domain kinase I (CTDK-I), yeast

Gene CTK1, Length 1,587 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CTK1	YKL139W	PGI1	P12709	554 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CTK1	YKL139W	HEM12	P32347	362 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CTK1	YKL139W	SRP101	P32916	621 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CTK1	YKL139W	TYE7	P33122	291 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CTK1	YKL139W	TRZ1	P36159	838 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CTK1	YKL139W	HXT6	P39003	570 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CTK1	YKL139W	HXT7	P39004	570 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CTK1	YKL139W	RPN7	Q06103	429 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CTK1	YKL139W	HAL9	Q12180	1030 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CTK1	YKL139W	RIB2	Q12362	591 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CTK1	YKL139W	COX11	P19516	300 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	PTP2	P29461	750 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	NAB3	P38996	802 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.9	□□□□□ -1.63	not detected
CTK1	YKL139W	SLN1	P39928	1220 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	IES5	P40060	125 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	SPC105	P53148	917 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	PUS2	P53167	370 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	YGR021W	P53212	290 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	YHM2	Q04013	314 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	YDL121C	Q07541	149 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	YPR027C	Q12079	277 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	YDR215C	Q12240	137 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	RPS21B	Q3E754	87 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	KIN2	P13186	1147 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	SAF1	P38352	637 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	YIL108W	P40483	696 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	BNA2	P47125	453 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	ENV11	P53246	860 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	SKY1	Q03656	742 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	SSL1	Q04673	461 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	THI21	Q08975	551 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	PHM7	Q12252	991 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	YLR149C	Q99296	730 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	YCK2	P23292	546 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	KCC4	P25389	1037 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	DPB3	P27344	201 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	SER1	P33330	395 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	MNN4	P36044	1178 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	RSC8	P43609	557 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	ZIP2	P53061	704 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	SLD3	P53135	668 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	NSG2	P53898	299 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	PTA1	Q01329	785 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	MSC2	Q03455	724 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	HFI1	Q12060	488 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	HSF1	P10961	833 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	OAF3	P36023	863 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	YKL133C	P36066	463 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	YKR018C	P36114	725 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	FLR1	P38124	548 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	EMP65	P40085	556 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	YGR012W	P53206	393 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	SSY1	Q03770	852 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	RSM24	Q03976	319 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	ECM38	Q05902	660 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	MLC2	Q06580	163 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	CDA1	Q06702	301 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	DCS2	Q12123	353 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	RRP6	Q12149	733 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	MSB1	P21339	1137 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	TAT1	P38085	619 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	POA1	P38218	177 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	RIM4	P38741	713 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	ZRG8	P40021	1076 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	DUS1	P53759	423 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	YMR187C	Q03236	431 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	SIZ1	Q04195	904 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	PEX15	Q08215	383 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	YPL277C	Q08989	487 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	NSI1	Q12457	570 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	APM4	Q99186	491 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	CHS2	P14180	963 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	HCA4	P20448	770 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	SEC65	P29478	273 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	COQ2	P32378	372 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	YKU70	P32807	602 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	YKL222C	P35995	705 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	FAT1	P38225	669 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	RRP8	P38961	392 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	PCL10	P53124	433 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	PGM1	P33401	570 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	MAL31	P38156	614 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	HIS6	P40545	261 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	TAN1	P53072	289 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	ARP4	P80428	489 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	VTS1	Q08831	523 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.85	□□□□□ -1.63	not detected
CTK1	YKL139W	GCD1	P09032	578 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	CMP2	P14747	604 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	PFK1	P16861	987 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	MRS6	P32864	603 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	KTR4	P38131	464 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	YHL041W	P38730	149 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	BFA1	P47113	574 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	SVL3	Q03088	825 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	YLR122C	Q12312	125 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CTK1	YKL139W	FBP1	P09201	348 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CTK1	YKL139W	APA1	P16550	321 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
CTK1	YKL139W	ATP12	P22135	325 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CTK1	YKL139W	ADP1	P25371	1049 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CTK1	YKL139W	SSZ1	P38788	538 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64

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