Protein–RNA interactions for Protein: Q8NE71

ABCF1, ATP-binding cassette sub-family F member 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 845 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ABCF1Q8NE71 FP236383.1-201ENST00000623860 2498 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.571e-6■■■■■ 344.6
ABCF1Q8NE71 FP671120.1-201ENST00000623664 2498 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.572e-8■■■■■ 308.4
ABCF1Q8NE71 PID1-206ENST00000534952 553 ntTSL 420.77■□□□□ 0.923e-9■■■■■ 148.6
ABCF1Q8NE71 PID1-203ENST00000392055 2533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.353e-9■■■■■ 148.6
ABCF1Q8NE71 PID1-202ENST00000392054 2745 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.343e-9■■■■■ 148.6
ABCF1Q8NE71 PID1-204ENST00000409462 2387 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.073e-9■■■■■ 148.6
ABCF1Q8NE71 PID1-201ENST00000354069 839 ntTSL 3 BASIC12.2□□□□□ -0.463e-9■■■■■ 148.6
ABCF1Q8NE71 PID1-205ENST00000482518 479 ntTSL 27.27□□□□□ -1.253e-9■■■■■ 148.6
ABCF1Q8NE71 AC024563.1-201ENST00000601860 618 ntTSL 2 BASIC7.94□□□□□ -1.149e-9■■■■■ 62.3
ABCF1Q8NE71 TNKS-201ENST00000310430 9620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.24□□□□□ -0.455e-7■■■■■ 54.1
ABCF1Q8NE71 TNKS-203ENST00000517770 574 ntTSL 48.22□□□□□ -1.095e-7■■■■■ 54.1
ABCF1Q8NE71 TNKS-206ENST00000518281 3897 ntTSL 2 BASIC8.08□□□□□ -1.125e-7■■■■■ 54.1
ABCF1Q8NE71 GSE1-204ENST00000411612 872 ntTSL 532.7■■■□□ 2.832e-6■■■■■ 45.3
ABCF1Q8NE71 KBTBD11-OT1-205ENST00000636175 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 522.18■■□□□ 1.142e-6■■■■■ 45.3
ABCF1Q8NE71 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.792e-6■■■■■ 45.3
ABCF1Q8NE71 TSPEAR-AS2-203ENST00000465978 345 ntTSL 518.76■□□□□ 0.592e-6■■■■■ 45.3
ABCF1Q8NE71 GSE1-215ENST00000635906 666 ntTSL 318.04■□□□□ 0.482e-6■■■■■ 45.3
ABCF1Q8NE71 ARHGEF10-207ENST00000520359 5472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.442e-6■■■■■ 45.3
ABCF1Q8NE71 KBTBD11-OT1-203ENST00000635773 5844 ntAPPRIS ALT2 TSL 516.19■□□□□ 0.182e-6■■■■■ 45.3
ABCF1Q8NE71 ARHGEF10-205ENST00000518288 5648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.12e-6■■■■■ 45.3
ABCF1Q8NE71 ARHGEF10-204ENST00000398564 5480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.34□□□□□ -0.112e-6■■■■■ 45.3
ABCF1Q8NE71 KBTBD11-OT1-204ENST00000635855 6169 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.512e-6■■■■■ 45.3
ABCF1Q8NE71 CBFA2T3-207ENST00000564416 399 ntTSL 523.19■■□□□ 1.39e-7■■■■■ 44.8
ABCF1Q8NE71 IKBKB-205ENST00000517812 523 ntTSL 323.99■■□□□ 1.432e-7■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 IKBKB-228ENST00000523517 2378 ntTSL 1 (best)22.46■■□□□ 1.192e-7■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 IKBKB-211ENST00000519733 527 ntTSL 421.47■■□□□ 1.032e-7■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 IKBKB-212ENST00000519735 1166 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.012e-7■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 IKBKB-206ENST00000517890 2501 ntTSL 221.02■□□□□ 0.952e-7■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 IKBKB-207ENST00000517917 1731 ntTSL 220.47■□□□□ 0.872e-7■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 IKBKB-203ENST00000517388 577 ntTSL 420.16■□□□□ 0.822e-7■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 IKBKB-223ENST00000522147 954 ntTSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.772e-7■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 IKBKB-208ENST00000518647 1543 ntTSL 219.33■□□□□ 0.682e-7■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 IKBKB-215ENST00000520320 628 ntTSL 518.75■□□□□ 0.592e-7■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 IKBKB-209ENST00000518679 2784 ntTSL 218.71■□□□□ 0.592e-7■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 IKBKB-227ENST00000523105 1966 ntTSL 217.87■□□□□ 0.452e-7■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 IKBKB-217ENST00000520810 3086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.422e-7■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 IKBKB-218ENST00000520835 2403 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.22e-7■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 IKBKB-220ENST00000521661 2196 ntTSL 516.03■□□□□ 0.162e-7■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 IKBKB-214ENST00000520201 5002 ntTSL 215.58■□□□□ 0.092e-7■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 IKBKB-216ENST00000520655 3777 ntTSL 215.3■□□□□ 0.042e-7■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 IKBKB-230ENST00000629753 4069 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.032e-7■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 IKBKB-201ENST00000342222 3952 ntTSL 214.91□□□□□ -0.022e-7■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 IKBKB-202ENST00000416505 4036 ntTSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.32e-7■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 CBFA2T3-210ENST00000569464 1327 ntTSL 1 (best)20.6■□□□□ 0.892e-6■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 CBFA2T3-209ENST00000569443 469 ntTSL 518.66■□□□□ 0.582e-6■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 CBFA2T3-202ENST00000327483 4033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.362e-6■■■■■ 44.1
ABCF1Q8NE71 CBFA2T3-211ENST00000570046 284 ntTSL 314.39□□□□□ -0.111e-6■■■■■ 44
ABCF1Q8NE71 CBFA2T3-203ENST00000562719 539 ntTSL 515.72■□□□□ 0.113e-6■■■■■ 43.4
ABCF1Q8NE71 CEP72-203ENST00000512038 656 ntTSL 225.27■■□□□ 1.641e-6■■■■■ 42.5
ABCF1Q8NE71 CEP72-201ENST00000264935 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 11e-6■■■■■ 42.5
ABCF1Q8NE71 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.121e-7■■■■■ 37
ABCF1Q8NE71 RILPL1-201ENST00000340724 2389 ntTSL 518.46■□□□□ 0.551e-7■■■■■ 37
ABCF1Q8NE71 RILPL1-202ENST00000376874 3932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.481e-7■■■■■ 37
ABCF1Q8NE71 CBFA2T3-204ENST00000563640 664 ntTSL 223.68■■□□□ 1.381e-6■■■■■ 34.7
ABCF1Q8NE71 CBFA2T3-201ENST00000268679 4477 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.361e-6■■■■■ 34.7
ABCF1Q8NE71 CAPN15-202ENST00000562370 942 ntTSL 240.66■■■■■ 4.19e-9■■■■■ 34
ABCF1Q8NE71 CAPN15-207ENST00000568988 911 ntTSL 340.66■■■■■ 4.19e-9■■■■■ 34
ABCF1Q8NE71 CAPN15-205ENST00000567216 3174 ntTSL 1 (best)24.73■■□□□ 1.559e-9■■■■■ 34
ABCF1Q8NE71 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.39e-9■■■■■ 34
ABCF1Q8NE71 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.211e-6■■■■■ 31.7
ABCF1Q8NE71 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC30.67■■■□□ 2.58e-7■■■■■ 31
ABCF1Q8NE71 C22orf34-202ENST00000400023 1469 ntTSL 1 (best)23.32■■□□□ 1.328e-7■■■■■ 31
ABCF1Q8NE71 C22orf34-205ENST00000416411 542 ntTSL 420.23■□□□□ 0.838e-7■■■■■ 31
ABCF1Q8NE71 C22orf34-204ENST00000414287 2197 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.278e-7■■■■■ 31
ABCF1Q8NE71 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.817e-7■■■■■ 30.8
ABCF1Q8NE71 RPL23A-208ENST00000580755 412 ntTSL 224.61■■□□□ 1.533e-8■■■■■ 29.2
ABCF1Q8NE71 SNORD4B-201ENST00000459083 72 ntBASIC0.57□□□□□ -2.323e-8■■■■■ 29.2
ABCF1Q8NE71 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.043e-7■■■■■ 28.3
ABCF1Q8NE71 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.983e-7■■■■■ 28.3
ABCF1Q8NE71 DNAJC5-201ENST00000360864 5213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.513e-7■■■■■ 28.3
ABCF1Q8NE71 RNF187-202ENST00000482739 2467 ntTSL 517.69■□□□□ 0.423e-7■■■■■ 28.3
ABCF1Q8NE71 DNAJC5-202ENST00000470551 5287 ntTSL 217.48■□□□□ 0.393e-7■■■■■ 28.3
ABCF1Q8NE71 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.931e-6■■■■■ 27.2
ABCF1Q8NE71 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.661e-6■■■■■ 27.2
ABCF1Q8NE71 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.651e-6■■■■■ 27.2
ABCF1Q8NE71 ACVR2B-201ENST00000352511 11821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.31e-12■■■■■ 26.9
ABCF1Q8NE71 GSE1-203ENST00000405402 4366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.34e-6■■■■□ 26.2
ABCF1Q8NE71 GSE1-202ENST00000393243 7140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.24e-6■■■■□ 26.2
ABCF1Q8NE71 GSE1-201ENST00000253458 7495 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.124e-6■■■■□ 26.2
ABCF1Q8NE71 ZNF598-206ENST00000564824 2147 ntTSL 534.22■■■■□ 3.072e-6■■■■□ 25.5
ABCF1Q8NE71 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.62e-6■■■■□ 25.5
ABCF1Q8NE71 MICALL2-204ENST00000467394 2080 ntTSL 226.18■■□□□ 1.782e-6■■■■□ 25.5
ABCF1Q8NE71 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.382e-6■■■■□ 25.5
ABCF1Q8NE71 ZNF598-207ENST00000565396 4457 ntTSL 223.63■■□□□ 1.372e-6■■■■□ 25.5
ABCF1Q8NE71 ZNF598-203ENST00000562988 3382 ntTSL 523.41■■□□□ 1.342e-6■■■■□ 25.5
ABCF1Q8NE71 SLC7A5-202ENST00000563489 780 ntTSL 223.18■■□□□ 1.32e-6■■■■□ 25.5
ABCF1Q8NE71 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.812e-6■■■■□ 25.5
ABCF1Q8NE71 SLC7A5-203ENST00000565644 3983 ntTSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.142e-6■■■■□ 25.5
ABCF1Q8NE71 NOP58-202ENST00000426814 655 ntTSL 222■■□□□ 1.112e-9■■■■□ 24.2
ABCF1Q8NE71 NOP58-208ENST00000488403 871 ntTSL 222■■□□□ 1.112e-9■■■■□ 24.2
ABCF1Q8NE71 NOP58-201ENST00000264279 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.62e-9■■■■□ 24.2
ABCF1Q8NE71 NOP58-205ENST00000472050 582 ntTSL 317.43■□□□□ 0.382e-9■■■■□ 24.2
ABCF1Q8NE71 NOP58-204ENST00000467734 638 ntTSL 516.59■□□□□ 0.252e-9■■■■□ 24.2
ABCF1Q8NE71 NOP58-209ENST00000492688 571 ntTSL 45.6□□□□□ -1.512e-9■■■■□ 24.2
ABCF1Q8NE71 ACTB-211ENST00000480301 657 ntTSL 1 (best)31.13■■■□□ 2.573e-11■■■■□ 24.1
ABCF1Q8NE71 ACTB-212ENST00000484841 1032 ntTSL 530.62■■■□□ 2.493e-11■■■■□ 24.1
ABCF1Q8NE71 ACTB-210ENST00000477812 820 ntTSL 228.94■■■□□ 2.223e-11■■■■□ 24.1
ABCF1Q8NE71 ACTB-205ENST00000432588 568 ntTSL 424.72■■□□□ 1.553e-11■■■■□ 24.1
ABCF1Q8NE71 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.453e-11■■■■□ 24.1
ABCF1Q8NE71 ACTB-202ENST00000414620 561 ntTSL 423.56■■□□□ 1.363e-11■■■■□ 24.1
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