Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms