Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 OPN5-204ENST00000489301 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 CNTLN-202ENST00000380647 5576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 PDE8B-201ENST00000264917 5956 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 COL18A1-203ENST00000359759 6586 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 ANKRD33B-201ENST00000296657 9188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 GHDC-202ENST00000414034 2496 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 SLC2A5-201ENST00000377414 2344 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DDX28Q9NUL7 UBE2R2-201ENST00000263228 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms