Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
HPS3Q969F9 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
HPS3Q969F9 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
HPS3Q969F9 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
HPS3Q969F9 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
HPS3Q969F9 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
HPS3Q969F9 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
HPS3Q969F9 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
HPS3Q969F9 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
HPS3Q969F9 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC20.83■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms