Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
LIG1P18858 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
LIG1P18858 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIG1P18858 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIG1P18858 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIG1P18858 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIG1P18858 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIG1P18858 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIG1P18858 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIG1P18858 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIG1P18858 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIG1P18858 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIG1P18858 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIG1P18858 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIG1P18858 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIG1P18858 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIG1P18858 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG1P18858 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG1P18858 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG1P18858 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG1P18858 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG1P18858 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG1P18858 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG1P18858 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG1P18858 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG1P18858 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG1P18858 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG1P18858 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG1P18858 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG1P18858 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG1P18858 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG1P18858 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG1P18858 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG1P18858 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG1P18858 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG1P18858 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG1P18858 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG1P18858 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG1P18858 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG1P18858 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG1P18858 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG1P18858 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG1P18858 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG1P18858 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG1P18858 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG1P18858 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG1P18858 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG1P18858 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG1P18858 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG1P18858 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG1P18858 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG1P18858 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG1P18858 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG1P18858 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG1P18858 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG1P18858 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG1P18858 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG1P18858 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG1P18858 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG1P18858 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG1P18858 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG1P18858 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG1P18858 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG1P18858 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG1P18858 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG1P18858 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG1P18858 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG1P18858 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG1P18858 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG1P18858 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG1P18858 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG1P18858 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG1P18858 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG1P18858 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG1P18858 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG1P18858 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG1P18858 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG1P18858 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG1P18858 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG1P18858 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG1P18858 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG1P18858 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG1P18858 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG1P18858 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG1P18858 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG1P18858 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG1P18858 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG1P18858 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG1P18858 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG1P18858 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG1P18858 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG1P18858 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG1P18858 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG1P18858 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG1P18858 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG1P18858 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIG1P18858 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIG1P18858 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIG1P18858 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIG1P18858 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms