Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms