Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS53Q5VIR6 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.3 ms