Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 HPGD-213ENST00000541923 2920 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD4P09016 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.7 ms