Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC22■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC22■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
NUP88Q99567 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms