Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.1 ms