Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SF3A1Q15459 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 RNF169-201ENST00000299563 7823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 ADAMTS7-201ENST00000388820 5490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SF3A1Q15459 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
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