Protein–RNA interactions for Protein: P61968

LMO4, LIM domain transcription factor LMO4, humanhuman

Predictions only

Length 165 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMO4P61968 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LMO4P61968 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LMO4P61968 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LMO4P61968 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LMO4P61968 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LMO4P61968 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LMO4P61968 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LMO4P61968 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMO4P61968 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMO4P61968 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMO4P61968 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
LMO4P61968 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
LMO4P61968 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.1 ms