Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms