Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
NPHP3Q7Z494 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
NPHP3Q7Z494 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
NPHP3Q7Z494 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC25.61■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
NPHP3Q7Z494 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms