Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 EXD3-201ENST00000340951 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 PRR18-201ENST00000322583 3084 ntAPPRIS P2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 DTX2-201ENST00000324432 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
BRPF3Q9ULD4 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.2 ms