Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

Predictions only

Length 608 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC19.49■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC19.49■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
TDP1Q9NUW8 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.4 ms