Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms