Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms