Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIG1P18858 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIG1P18858 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIG1P18858 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIG1P18858 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIG1P18858 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIG1P18858 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIG1P18858 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIG1P18858 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIG1P18858 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIG1P18858 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIG1P18858 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIG1P18858 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIG1P18858 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIG1P18858 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIG1P18858 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIG1P18858 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIG1P18858 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIG1P18858 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIG1P18858 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIG1P18858 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIG1P18858 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.07
LIG1P18858 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIG1P18858 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48 ms