Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms