Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.3 ms