Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP4Q13107 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
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USP4Q13107 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
USP4Q13107 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
USP4Q13107 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
USP4Q13107 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
USP4Q13107 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
USP4Q13107 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.77
USP4Q13107 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
USP4Q13107 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.77
USP4Q13107 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.77
USP4Q13107 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
USP4Q13107 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
USP4Q13107 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.77
USP4Q13107 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
USP4Q13107 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
USP4Q13107 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
USP4Q13107 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.76
USP4Q13107 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
USP4Q13107 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
USP4Q13107 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
USP4Q13107 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC19.83■□□□□ 0.76
USP4Q13107 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
USP4Q13107 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
USP4Q13107 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP4Q13107 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP4Q13107 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP4Q13107 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP4Q13107 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP4Q13107 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP4Q13107 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
USP4Q13107 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
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