Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMA1Q9UHB6 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMA1Q9UHB6 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms