Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC15.75■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 MYH14-203ENST00000425460 6811 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 ITSN2-201ENST00000355123 6300 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 ARHGAP11A-201ENST00000361627 5898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.8 ms