Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN9AQ15858 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC22.77■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN9AQ15858 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
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