Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC28.66■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC28.66■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC28.66■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC28.65■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.65■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC28.65■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
TCOF1Q13428 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC28.64■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC28.64■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC28.64■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
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TCOF1Q13428 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.62■■■□□ 2.17
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TCOF1Q13428 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC28.62■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC28.61■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC28.6■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
TCOF1Q13428 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
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