Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
PDLIM3Q53GG5 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 CASZ1-202ENST00000377022 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PDLIM3Q53GG5 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms