Protein–RNA interactions for Protein: P62857

RPS28, 40S ribosomal protein S28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 69 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPS28P62857 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 LRRTM1-201ENST00000295057 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 MARK3-205ENST00000429436 3371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 THSD4-201ENST00000261862 3133 ntTSL 5 BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 ADAMTS1-201ENST00000284984 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 CTNNBIP1-203ENST00000377263 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 ASTN2-201ENST00000288520 2356 ntTSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 EPB41-205ENST00000373797 2402 ntTSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 APPL1-201ENST00000288266 6058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 SCAMP2-201ENST00000268099 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
RPS28P62857 SIPA1-201ENST00000394224 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 ADRA2A-201ENST00000280155 3745 ntAPPRIS P1 BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 LINC02212-201ENST00000515243 2130 ntTSL 2 BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 SRRT-217ENST00000618411 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 ABCB6-201ENST00000265316 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 MEGF6-201ENST00000294599 4501 ntTSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 SLC6A11-201ENST00000254488 4296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 SEPT11-203ENST00000502584 2615 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 FLI1-201ENST00000281428 4151 ntTSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 PRKAR2B-201ENST00000265717 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 TSHZ1-204ENST00000580243 3582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 GLDC-201ENST00000321612 3900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 MGME1-202ENST00000377709 1936 ntTSL 2 BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 ZSCAN10-209ENST00000576985 2739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 AC009242.1-201ENST00000634300 2706 ntTSL 5 BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 SCYL1-206ENST00000525364 2584 ntTSL 5 BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 SEMA5B-211ENST00000616742 4933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 SAP130-203ENST00000357702 4173 ntTSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 GPN1-212ENST00000616939 1832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
RPS28P62857 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 GPBAR1-204ENST00000522678 2003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 NEIL2-201ENST00000284503 2671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 MAGI1-201ENST00000330909 7415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 ADD1-201ENST00000264758 4045 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 POU5F1-204ENST00000471529 1723 ntTSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 CPEB2-203ENST00000382395 5524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 LSS-205ENST00000457828 4390 ntTSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 C11orf49-204ENST00000395460 1916 ntTSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 SNAP47-213ENST00000617596 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 PCDHGA11-202ENST00000518882 2263 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 SLC11A2-204ENST00000541174 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 KLF4-201ENST00000374672 2813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.04□□□□□ -0.64
RPS28P62857 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC11.04□□□□□ -0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms