Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms