Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
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HOXD3P31249 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC14.72□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
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HOXD3P31249 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
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HOXD3P31249 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
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HOXD3P31249 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
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HOXD3P31249 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
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HOXD3P31249 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
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HOXD3P31249 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
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HOXD3P31249 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.71□□□□□ -0.05
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HOXD3P31249 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC14.71□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC14.71□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
HOXD3P31249 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC14.71□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC14.7□□□□□ -0.06
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