Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC18.04■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
ATG4BQ9Y4P1 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms