Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC19.16■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC19.16■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC19.14■□□□□ 0.66
DKK3Q9UBP4 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC19.12■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
DKK3Q9UBP4 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms